ВМС получают задание уничтожить тайный завод по обогащению урана, который расположен в глубоком каньоне во вражеской стране. Завод защищают истребители пятого поколения, зенитные ракеты и глушилки GPS, что делает F-35 Lightning II бесполезными в этом деле. Мэверик разрабатывает план атаки на завод, используя две пары F-18. Несмотря на его желание участвовать в самой операции, ему поручают тренировать новую группу выпускников Top Gun, которую собрал вице-адмирал «Циклон» Симпсон, командующий морской авиацией США на Тихом океане. Симпсон был недоволен методами Мэверика.

В ходе учебных полетов Мэверик побеждает всех скептически настроенных учеников и завоевывает их уважение. Лейтенанты Джейк Палач Сересин и Брэдли «Задира» Брэдшоу постоянно находятся в конфликте. Задира не любит агрессивное поведение Палача, а Палач критикует медлительные полеты Задиры. Мэверик воссоединяется с бывшей возлюбленной, Пэнни Бенджамин, и объясняет ей, что обещал матери Задиры, что сделает все возможное, чтобы тот не стал пилотом. Задира, не зная об этом обещании, обижается на Мэверика, винит его в смерти отца и обвиняет в разрушении своей военной карьеры. Мэверик не хочет больше мешать задиры, но альтернативой является отправка его на опасное задание. Он делится своими сомнениями с Айсменом, который уже страдает от рака гортани. На смертном одре Айсмен советует ему "отпустить" и заверяет, что ВМС нужен Мэверик.

После смерти Айсмена «Циклон» снимает Мэверика с должности инструктора из-за инцидента на тренировке, в результате которого был потерян F/A-18. Условия задания становятся менее жесткими, но задача побега становится гораздо сложнее. Во время проговора «Циклона» Мэверик совершает несанкционированный полет по учебному курсу с изначально более сложными параметрами, доказывая, что они выполнимы. «Циклон» неохотно назначает Мэверика командиром группы.

Мэверик летит во главе пары с лейтенантом Наташей «Феникс» Трейс и офицером радиоперехвата лейтенантом Робертом «Бобом» Флойдом. Задира возглавляет вторую атакующую пару, в которую входят лейтенант Рубен Расплата Фитч и офицер радиоперехвата лейтенант Микки «Фанбой» Гарсия. После взлета четырех самолетов с авианосца USS Theodore Roosevelt, ракетный крейсер USS Leyte Gulf запускает крылатые ракеты Tomahawk, чтобы уничтожить близлежащую авиабазу. Команды успешно разрушают завод, но во время бегства попадают под огонь зенитных ракет С-125. У Задиры заканчиваются средства противодействия, и Мэверик приносит свою жизнь в жертву, чтобы защитить его. Веря, что Мэверик погиб, руководители операции приказывают остальным возвращаться на авианосец. Во время разворота Задира обнаруживает, что Мэверик благополучно катапультировался, и на них нацеливается вражеский боевой вертолет. Уничтожив вертолет, Задиру самого сбивает зенитная ракета, но и он благополучно катапультируется. В лесу они встречаются с Мэвериком и угоняют F-14 с разрушенной